崇神8年（紀元前90年）、崇神天皇により、陶邑の大田の森（現在地）に住む太田田根子が神主として選ばれた。彼の祖霊を祀る目的で創建された神社が、当神社である。創建年は崇神8年前後であろうとされている。
当時大規模な疫病がはやり、国土が荒廃した。ある夜、大物主の神が崇神天皇の夢枕に立ち、太田田根子を神主に立てて自分を祀るなら、病を治めようと告げた。天皇は、茅渟県陶邑（ちぬのあがたすえむら）に太田田根子を探しあて、奈良の三輪山の神主として選び、大物主神を祀らせた。
名前の由来は、同じ陶邑の大田の森に住む「荒田直」(あれたのあたひ)にあやかってつけられた。 荒田直は祭神である高魂命の直系の子孫だったとされている。