昔はOSネイティブを尊重したスクロールバーにしろ派だった。今は描画領域がらみで色々考えたくないので、オーバーレイで独自描画されちゃえばいいのに派になってる。WindowsだとInternet Explorer 11以降(10以降かも)の自動非表示スクロールバー的なのが妥当な落とし所なのかな。かっこいいと思ってはいないんだけど。
ウェブ制作者としては、もちろんこの辺りの扱いが仕様通りに実装されてればどっちでも良いわけだけど、ちゃんとされそうな気配がまるでない。また仕様自体でもMedia Queriesのwidthやheightではスクロールバーを含むで、CSS Values and Units Module Level 3のvw系では含まない(スクロールバーの有無に影響を受ける)だったりして、大変覚えづらい。
それぞれがそうなっている理由や実装がマチマチな理由もなんとなく推測できる。でも、ここらへんのことを考えたり覚えたりしても不毛な気がしてしょうがないので、オーバーレイで統一されちゃえば一気にシンプルな世界になりそうで良いなと思う。
スクロールバーのこと色々考えてたらPixel Pushingとか呼ばれてた懐かしいテクニックを思い出した。10年前。今だとhtml要素にoverflow-y: scrollで良いけど、昔はこんなことでも苦労したんだな。