Googleでのrel="canonical"の扱いについての中の人の話。rel="canonical"が適切ではないURLを指していた場合に、Googleとしては無視したいし、多くの場合無視するので、万全を期すのなら(「If you really want to be safe」)head要素の先頭に書けと言っている。わかるけどHTMLの書き方が検索エンジンの意向に左右される世の中は嫌だなぁ……。
こういったネガティブなURL評価だけでなく、rel="canonical"のhref属性の値がスラッシュで始まる相対URLで書いてあれば信用してくれるとか、そういうポジティブなURL評価も欲しいですね。要は違うドメインを指しているrel="canonical"の評価を下げてくれれば、場合によっては無視してくれれば、良いんじゃないかとかそんな感じです。まぁユーザーのページがサブドメインで切られていないウェブサービスなんかだとアレですけど、それでもそのウェブサービスの外に飛び出しはしないのでそこそこ信用していいような気がしますね。
いずれにせよ真っ当に書いたHTMLが真っ当に評価されるようにGoogleには頑張って欲しいですね。