他の多機能Vimプラグイン・マネージャーと違って、pathogenプラグインではプラグインの管理はGitに任せっきりなため特定のVimプラグインを一時的に無効にするとかそういうの面倒くさい……と思ってたんですけどちゃんとそのための機能が用意されていました。無効にしたいプラグインのディレクトリ名の最後にチルダ(~)を付けるだけ！
他にもg:pathogen_disabledというグローバルな配列変数に完全一致でプラグインのディレクトリ名を列記しても可能だった。
let g:pathogen_disabled = ['foo', 'bar', 'buz']メンテナンス性を考慮するとcallでadd()呼んだ方が良さそう。
let g:pathogen_disabled = []
call add(g:pathogen_disabled, 'foo')
call add(g:pathogen_disabled, 'bar')
call add(g:pathogen_disabled, 'buz')手軽さならリネームで、一元管理したいならグローバル変数でって感じですかね。