.gitignoreで通常指定しますが、それ以外にもユーザーごとにグローバルな無視設定ファイルを設定することもできます。ここまでは知っていたんですが、リポジトリの.gitignoreには追加したくないけど特定のファイルを無視したいというケースにぶち当たってちょっと困りました。gitignoreのマニュアルを読んだ所、そういう場合は.git/info/excludeを編集すれば良いみたいですね。
つまり、
core.excludesfileで指定したファイルで設定する。.gitignoreで設定する。.git/info/excludeで設定する。ということでしょうか。