Microsoftの提供しているWindows Script、その5.6のドキュメントではJScriptとなっていますが、JScriptはJavaScriptと文法は互換のなので、そのままリファレンスとして流用できます。HTMLヘルプなのでエディタから単語拾ってジャンプとかも結構魅力。JavaScriptギークにはマスト！ とか。
また、今は亡きNetscape DevEdgeで配布していたCore JavaScript Reference 1.5は、Wayback MachineにZIPアーカイブ共々残っている模様です。こちらはHTMLなので、どんな環境でも扱いやすく、英語ではありますがこちらも抑えておきたいところ。
以上の2つがあればJavaScriptのリファレンスとしては十分なんじゃないかなと。少なくとも基本は抑えられるはず。
今ではJavaScriptで何かやろうとすると避けては通れないDOMのリファレンスは、これも今は亡きNetscape DevEdgeで配布していたGecko DOM Referenceを参照すると良いかも(The DOM in MozillaにZipped HTMLもあります)。Gecko専用という感じで、これに忠実に書いてもそのままではInternet Explorerで動かないとかやるせない感じですが、そこはほらアレ。