カテゴリ/blogで不具合が出たので、下記のように書き換えてみました。

foreach (keys %$files_ref) {
  if ($blosxom::path_info ne '' and $_ !~ m!^$blosxom::datadir/$blosxom::path_info!) {
    delete $files_ref->{$_};
  }
}

ここのweblogのパス自体に/blogという文字列が入っていたのが原因っぽいです。フルパスで先頭からマッチングさせるように変更したのでもう大丈夫(だと思う。