ヒマに飽かして、Movable Type 3.x互換flavour作ってみたら、こんな感じになりました。2.xに比べると、格段に綺麗になってますね。
コアのflavourとCSSをセットにしたアーカイブも置いておきます。archivesとcategoriesは必須です。また、head.mt3でCSSのパスは決め打ちしているので、環境に合わせて書き換える必要はあります。同じく、foot.mt3ではかなり適当にGoogleのサイト内検索を呼んでいるので、そこらへんも書き換える必要はあるでしょう。
日本語混じると、イマイチ収まりが悪い気がするのは、フォントのせいか・・・。