ちっといろいろいじってたんですが、どうやらモジュールとして利用した方がいいような気がします。MTみたいに非常に単純な起動CGIを作ってやると良さげ。そうすると単純にリネームしただけで動かす場合には切り離せないfind_entries_dirなどの設定も切り離すことが出来そうです。また、設定を切り離さない場合でも、こういった起動CGIを用意してやると、handlers.flowやhandlers.entryなどを個別に編集する必要が無くなり、メンテナンス性が向上するんではないかなぁとか思いました。
設定のロードは仕様に沿ったハッシュをsettingsサブルーチンに渡すだけだと思います。その部分のコードはBlosxom.pmの523～564行目のコピペで良さそう(use Blosxom;を書く以外は、ほとんどコピペで動きました)。
あんまり関係ないのですがついでに。普通にリネームして利用した上で、find_entries_dirをデフォルトのdata以外にしたい場合は、
find_entries_dir => File::Spec->rel2abs('./entries'),などとしてやれば良さげです。相対パスでOK。